Großflächiges, montanes Waldgebiet auf unterschiedlichsten Standorten mit unterschiedlichen Waldgesellschaften, insbesondere aber Fichten-Tannen-Buchenwäldern. Daneben Vorkommen zahlreicher weiterer seltener Lebensräume wie Magerwiesen, Moore und subalpine gehölzfreie Vegetation im Bereich des zentral gelegenen Sengsengebirges. Im Nationalpark brüten alle vier in Oberösterreich vorkommenden Raufußhuhnarten in vitalen Populationen (Auer-, Birk-, Hasel- und Alpenschneehuhn). Auch Steinadler und Weißrückenspecht haben hier bedeutende Populationen.

Aus der Vielzahl der Besonderheiten des Gebiets seien abseits der oben bereits erwähnten nur einige in Stichworten hervorgegriffen: 87 % des NPs sind mit Wald bedeckt, 65 % der Fläche des NP ist Wildruhezone. International bedeutendes Feuchtgebiet (Ramsar-Gebiet), weitverzweigtes natürliches Bachsystem (rd. 300 km) und 800 Quellen. Jahrhundertelange Geschichte der Holznutzung, Klausen, Waldbahn. Alpenweit wichtige Position durch Luchsprojekt. Keine Eingriffe seitens des Menschen in der Naturzone, Zulassen von Wildnis, Totholzreichtum, Credo: Prozessschutz!

Schutzzweck als Europaschutzgebiet „Nationalpark Oö. Kalkalpen und Umgebung“ (§ 1 Abs. 1) ist die Erhaltung (oder gegebenenfalls die Wiederherstellung) eines günstigen Erhaltungszustands der als Schutzgüter ausgewiesenen Tier- und Pflanzenarten und Lebensräume.

Erlaubte Eingriffe und Maßnahmen sind unter anderem die Borkenkäferbekämpfung in definierten Randzonen und das Schwenden und Beweiden von Almflächen.