Aufgrund ihrer nächtlichen Aktivität und ihrer unzugänglichen Quartiere gehören Fledermäuse zu den weniger bekannten Säugetieren in Oberösterreich. Um ihren Weg durch die Dunkelheit zu finden, orientieren sich Fledermäuse mittels Ultraschall-Echoorientierung, die es ihnen auch möglich macht, ihre Nahrung zu erbeuten. Sie vertilgen große Mengen an Insekten und Gliedertiere wie bspw. Spinnentiere. Zu ihrem Speiseplan zählen auch Arten, die bei uns Menschen auf wenig Gegenliebe stoßen bzw. Schäden an Nutzpflanzen verursachen, wie zum Beispiel Mücken, Maikäfer oder Nachtfalter. Fledermäuse nutzen im Jahresverlauf räumlich und zeitlich getrennte Lebensräume. Sie benötigen Sommerquartiere mit den dazugehörigen Jagdgebieten sowie spezielle Winterquartiere. Die Distanzen zwischen Sommer- und Winterquartieren können dabei gering sein, aber bis zu 2000 km betragen. Im Sommer versammeln sich die Weibchen in Wochenstuben, um gemeinsam ihre Jungen zur Welt zu bringen und aufzuziehen. Wochenstubenkolonien können aus wenigen Tieren bestehen, aber auch über 1000 Weibchen beherbergen. Die Intensivierung der Land- und Forstwirtschaft, das Insektensterben, Lichtverschmutzung und Änderungen in der Bauweise von Gebäuden gefährden viele heimische Fledermausarten. In Oberösterreich sind aktuell 21 Fledermausarten nachgewiesen. Das Hinzukommen weiterer Arten ist künftig durchaus zu erwarten, da sich einzelne Fledermausarten in Ausbreitung befinden. Darüber hinaus werden durch den Einsatz genetischer Methoden nach wie vor neue Arten beschrieben.

Die Kleine Hufeisennase (Rhinolophus hipposideros ), die kleinste europäische Rhinolophus-Art,  ist in Oberösterreich – mäßig häufig –  nur südlich der Donau zu finden. Ihre Sommerquartiere sind durch Sanierungen gefährdet. Den Winterschlaf verbringt die Kleine Hufeisennase fast vollständig in ihre Flughäute eingehüllt.